寺伝は、724年（神亀元年）僧・行基が自ら丈六の薬師如来像をつくり堂を建て安置したのが始まりと伝えられる。
1576年に火災にあい秀吉、ねねによって再建されたが、その後再び火災に見舞われる。よって現在残る薬師堂は1782年に建立されたもの。
この寺には行基と有馬温泉を再興したとされる僧・仁西の木像が祀られ、毎年1月2日の入初式には神輿で担ぎ出し、初湯をかけて沐浴の儀式を行う。

寺の右手には資料館、御祖師庵（みそしあん）があって、行其、仁西の木像のほか、絵巻物や人形、ビデオなどで温泉寺の由来を紹介している。

このあたりの寺町界隈は温泉寺をはじめ、極楽寺、念仏寺、さらには湯泉神社などが隣接していて、すこし迷いそうになります。
それぞれに由緒と見所があるので、歴史が好きな方は十分に時間をとって見学しましょう。

行其と仁西の木像。1月２日の入初式ではこの木像を輿にのせ、有馬の町を練り歩く。